Ecologie is een belangrijk onderwerp voor de belangenafweging bij de aanleg van windparken op zee. Daarom heeft de overheid een toetsingskader gemaakt: het ‘Kader Ecologie en Cumulatie’. Daarin is gekeken naar de effecten van de ontwikkeling van windparken op zee op bruinvissen, vogels en vleermuizen (zowel aanleg windparken, platform en kabels). Dit zijn de soorten waarvoor de grootste effecten worden verwacht.
Overigens kunnen windparken (en de platforms die daarin staan) mogelijk ook gunstige effecten hebben op de fauna. Voor het onderwaterleven in de zee vormen windmolenparken een soort rustgebied omdat er slechts beperkt mag worden gevist. Bovendien kan de fundering van de windmolens zorgen voor een geschikte ondergrond voor meer lokale biodiversiteit.