De regionale overheden – de gemeenten, provincies en waterschappen – hebben een belangrijke rol in de procedure. De minister vraagt hen om hem van advies te voorzien over het te kiezen voorkeursalternatief (VKA). Dit heet het ‘regioadvies’. De overheden kunnen alle ingediende reacties uit de omgeving, het advies van Rijkswaterstaat en het advies van de Commissie m.e.r. een rol laten spelen in het advies dat zij aan de minister geven.